Con effetto dal 5 febbraio 2020, data di entrata in vigore del D.P.C.M. n. 169 del 2 dicembre 2019 (Regolamento di organizzazione del Ministero per i beni e le attività culturali e per il turismo, degli uffici di diretta collaborazione del Ministro e dell'Organismo indipendente di valutazione della performance), il Museo Nazionale Etrusco di Villa Giulia rientra nuovamente fra gli Istituti di rilevante interesse nazionale dotati di autonomia speciale e, per tali ragioni, questo ha comportato il ripristino di tutti gli organi dell'Istituto in precedenza revocati per effetto dal D.P.C.M. 76 del 19 giugno 2019.
Il Direttore del Museo è il dott. Valentino Nizzo (Curriculum Vitae)